两个公司发工资，应当合并收入计算个人所得税。具体扣税方式如下：
首先，您需要将两个公司的工资总额相加，得到您的总收入。接下来，将您的总收入与个税起征点5000元进行比较，如果总收入超过该金额，则进入税费计算步骤。
假设您的总收入超过个税起征点，那么接下来将按照您的收入分项进行计算。分项包括工资、劳务报酬、稿酬等，您需要按照各个项目分别缴税。具体计算公式为：应纳税额=（累计收入-各项专项扣除-捐赠支出-专项附加扣除-依法确定的其他扣除-专项附加扣除）×适用税率-速算扣除数。
因此，您可以根据上述公式和上述步骤，在两个公司发工资的情况下，确定扣税金额和扣税方式。具体扣税金额可能会因实际情况有所不同，请根据实际情况计算。
